萧穆为作校勘记既不取酬，也不署名，甚至曾经卖掉自己的藏书，作为印书费用，清末所刻许多善本大多曾得到萧穆的帮助，对文化史的贡献显而易见。他的古文也有一定造诣，“为文气力醇厚，博辨驰骋”，“渊博泛滥，不为空虚无补之言”。

            萧穆著述颇丰，但主要著作是十六卷的《敬孚类稿》，可以说凝聚了他毕生读书、校书的心得。他在其中记录了自己的部分校勘成果，总结了毕生校勘工作的经验，并在目录校勘、方志、文学和历史等方面提出了自己独到的看法。

           《敬孚类稿》中还保存了一些珍贵的史料，特别是有关清代几桩重大文字狱，如湖州“庄氏史案”、“桐城方、戴两家书案”、“桐城孙学颜序《晚村文集》案”等等，搜罗了一些原始资料。他搜集的原始资料和进行的考证还涉及许多历史传奇事件，如明建文帝之出亡、徐达之死、吴三桂上康熙书、明桂王与吴三桂书、鄂尔泰与张廷玉、陈梦雷与李光地、汤若望与杨光先等等。

              萧穆还著有清代一些学者和女科学家的传记，对研究清代学术和科技史很有价值。